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Elsevier
與我們共同出版
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2022 Reaxys 獎

2024年1月8日

今年(2022 年)Elsevier 繼續與國立臺灣大學化學系合作,舉辦第二屆 Reaxys 獎,鼓勵年輕化學家的創新研究,並分享 Reaxys 如何支持他們的學習與研究。 本次 Reaxys 獎分為博士畢業生與碩士畢業生兩個項目,這次的得獎者分別為陳玫華與顏肇庭。恭喜他們獲得殊榮,實至名歸,以下為兩位得獎者的簡介以及他們的 Reaxys 的使用心得分享。

博士獎

陳玫華

EDUCATION
  • National Taiwan University Ph.D. (Chemistry)

  • National Yang-Ming Chiao-Tung University Master (Bio Science & Tech.)

HONORS
  • GRC Research Award, 2021

  • Merck Young Scientist Award-Taiwan, 2022

PUBLICATIONS

  • Chang, C. H.; Chen, M. H.; Du, W. S.; Gliniak, J.; Lin, J. H.; Wu, H. H.; Chan, H. F.; Yu, J. S.; Wu, T. K., A ruthenium-based biomimetic hydrogen cluster for efficient photocatalytic hydrogen generation from formic acid. Chemistry 2015, 21 (17), 6617-22.

  • Chen, M. H.; Lin, J. H.; Li, C. R.; Gliniak, J.; Chang, C. H.; Peng, C. S.; Chen, Y. T.; Yu, J. S. K.; Wu, T. K., Enhanced hydrogen generation from formic acid by a biomimetic ruthenium complex with a covalently bonded phosphine ligand. Int J Hydrogen Energ 2017, 42 (15), 9784-9794.

  • Huang, C. M.; Lyu, S. Y.; Lin, K. H.; Chen, C. L.; Chen, M. H.; Shih, H. W.; Hsu, N. S.; Lo, I. W.; Wang, Y. L.; Li, Y. S.; Wu, C. J.; Li, T. L., Teicoplanin Reprogrammed with the N-Acyl-Glucosamine Pharmacophore at the Penultimate Residue of Aglycone Acquires Broad-Spectrum Antimicrobial Activities Effectively Killing Gram-Positive and -Negative Pathogens. Acs Infect Dis 2019, 5 (3), 430-442.

  • Chen, M. H.; Li, Y. S.; Hsu, N. S.; Lin, K. H.; Wang, Y. L.; Wang, Z. C.; Chang, C. F.; Lin, J. P.; Chang, C. Y.; Li, T. L., Structural and Mechanistic Bases for StnK3 and Its Mutant-Mediated Lewis-Acid-Dependent Epimerization and Retro-Aldol Reactions. Acs Catal 2022, 12(3), 1945–1956.

Reaxys 在研究路上帶給我的幫助-陳玫華

我的博士班研究主要是探討藥物的生合成路徑以及合成路徑中相關酵素的催化機制。在研究的過程中,常遇到的問題像是分析出蛋白質結構但無法從結構的活化位中看到關鍵中間產物,或是純化出酵素卻無法拿到其對應的反應物,這些已知或是未知的中間產物及反應物都需要借助化學合成來解決,而 Reaxys 在化學合成方面給了我很大的協助,像是:

  • 化合物的正確命名 在我們解析藥物或天然物生合成路徑的過程中,常會需要假設在整個生合成路徑中的酵素可能相對應的反應物是什麼,這時候直接在 Reaxys 上畫出反應物結構,就會出現其相對應的化學命名,可以避免掉因為命名的差異而導致的相關資訊搜尋問題。

  • 所需化合物的取得及相關資訊 有了所需化合物的分子結構以後,可以在 Substances 中直接搜尋其購買來源及價格,如無法購買取得也可以直接找到相關的製備方式或是相關文獻。

  • 合成方法的改良 確定要合成的化合物之後,可以直接從 Reactions 中找尋已知的合成方式,並比較自己規劃的合成反應和其他合成方法的差異性,有助於提高產率或是發現更有效益的作法。如果是合成新的化合物,也可以在Reaxys中搜尋其類似物的合成方法,拿來參考並加以應用。

  • 特定化合物的光譜 Reaxys 有完整的光譜資料庫,不管是 MS,IR,還是 NMR,只要輸入化合物的結構,就可以找到其相對應的光譜資訊以及文獻出處,在合成出化合物取得光譜後可以跟之前其他文獻的光譜做比對,以確認自己合成的準確度。

Reaxys 是一個相當完整的化學資料搜尋平台,可以幫助我有效率的找到所需化合物的相關資訊以及合成方式,也節省了許多搜尋文獻的時間,謝謝 Reaxys 這個好朋友在我的研究過程給予我的幫助。

碩士獎

顏肇庭

EDUCATION
  • National Taiwan University Master (Chemistry)

  • National University of Kaohsiung Bachelor (Applied Chemistry)

PUBLICATIONS
  • Palladium-Catalyzed Vinylation of Cyclopentenes with Inverted Z,E-Isomerism of Vinylic Substrates Org. Lett. 2022, 24, 3373-3377.

Reaxys 我的研究好幫手-顏肇庭

Reaxys 在大學到研究所已經陪伴我好幾年,大學專題與臺大化學所都是進入有機化學合成實驗室做研究,因為是做方法學的有機合成,所以首選 Reaxys 作為我查詢化學內容的資料庫,從化學合成到文獻搜尋等,Reaxys 幾乎能滿足我所有需求;到了現今都是利用 Reaxys 當作我的研究幫手去查詢各種資料,而 Reaxys 有以下特點。

  • 可以打關鍵字搜尋反應 像是我實驗工作是做 C-H activation、Heck 人名反應,可在 Reaxys 搜尋欄打上關鍵字,則能查詢到關鍵字相關的許多反應,並且內容包含文獻摘要、關鍵字及反應物,還可以選擇文獻的年份、期刊種類及反應類型…等,讓用戶可以快速找到想要的化學資料與反應(圖 1)。

圖 1. 關鍵字搜尋反應,還可以過濾文獻類型,並得知相關反應之文獻、摘要與文獻中化合物。

  • 利用化學結構搜尋該資料 Reaxys 可以直接查詢想要的化學結構,即可得知該化合物可以如何製備和純化方式,並得知其物理性質、生物特性和光譜資料。因我研究所的題目著重於反應的立體選擇性,而 Reaxys 則對化合物的立體結構整理的很清楚,像是 E form 跟 Z form 或是 syn form 跟 anti

     form 結構,都劃分的非常完善,讓使用者能迅速搜尋結構之化學資料(圖 2)。

圖 2. 利用 Reaxys 搜尋化學結構,得知化合物製備方式及各別步驟之產率;還有劃分出不同立體結構的化合物之物理性質、生物特性和光譜資料整理。

  • 藉由反應式搜尋資料 Reaxys 能畫出特定的反應式,去搜尋該反應式的條件與產率;而在反應式的分子結構中加上 R 官能基,可以查詢相似化合物之合成途徑,像是可以應用在起始物的特定位置修飾上引導基團或是化學全合成領域…等;除此之外,也可以利用 Reaxys 的 Similar 搜尋功能,去查詢相似的反應,另外Reaxys會劃分出反應之相似程度,使搜尋者能快速得到想要的資料(圖 3)。

圖 3. 反應式搜尋,包含反應條件、反應文獻及相似反應搜尋。

  • 預測未知化合物合成方式 Reaxys 搜尋功能近幾年還在持續進步,最近還有引入逆合成分析(Retrosynthesis)功能,可以預測欲獲得之化合物的合成方式,對於有機合成方法學或全合成領域之研究者,給予許多合成建議(圖 4)。

圖 4. 逆合成分析,且利用樹狀圖呈現(圖來自 Elsevier)

  • 獲得化合物價格之資訊 對於有機合成領域中,通常反應會取決於反應之先驅物價格,而Reaxys 也很細心的整理出許多化合物於世界各地藥廠的價格,讓實驗員能在實驗前判斷反應物的取得容易度 (圖 5)。

圖 5. 化合物之價格查詢

Reaxys 利用非常簡潔的界面,卻能夠搜尋到豐富的化學資料,不管是特定的立體結構化合物、人名或特定反應,甚至是未知的化學分子都可以利用此資料庫搜索。而令我最滿意Reaxys 的功能是他的文獻資料整理,我能夠利用畫出相似結構之反應式,即可查詢到許多前人研究的反應條件,像是溶劑、催化劑和溫度…等,合成出特定產物後還可以比對 Reaxys 光譜文獻資料,其中光譜資料還有劃分出不同氘溶劑的對應 NMR 光譜,讓我在開發反應或是製備起始物節省了許多時間。

Reaxys 資料庫,在我的大學與研究所時期扮演著極為重要的角色,研究時期中幫助我從無知到成熟,實驗從繁瑣到精簡;而在許多未知合成中,藉由 Reaxys 的資料庫能令我抱有一絲希望,研發出新的合成途徑。Reaxys 功能儘管已非常眾多成熟,但還是日益進步且不段的開發許多新功能,提供給使用者使用;最後也非常感謝 Reaxys 這個資料庫,對我研究中有無比巨大的貢獻及協助。